Le principali trasformazioni previste dalla riforma sono tre: l’istituzione di due livelli di laurea differenziati, il riordino dei corsi di laurea, raggruppati in classi omogenee, e l’introduzione del sistema dei crediti come misura dell’impegno richiesto per arrivare alla laurea.

La prima trasformazione, la più importante, tanto che si parla del nuovo sistema come di "tre+due", è l'istituzione di due livelli di laurea, uno dopo tre anni, che permette l'accesso al mercato del lavoro o il proseguimento nel biennio successivo, e uno dopo cinque (laurea specialistica): questa suddivisione è presente, con qualche variazione, in quasi tutti i paesi europei, e ha il duplice scopo di consentire una qualificazione in tempi più rapidi a chi desidera lavorare prima, e un approfondimento a chi invece desidera continuare, eventualmente anche con una successiva specializzazione o con il dottorato di ricerca. Le università possono anche attivare corsi di perfezionamento e di formazione permanente o ricorrente, successivi alla laurea o alla laurea specialistica (Master di primo e secondo livello)

La seconda trasformazione riguarda la denominazione dei corsi di laurea. Nel 1999 erano attivi in Italia un centinaio di corsi di laurea, raggruppati in facoltà (per esempio: i corsi di laurea di lettere, filosofia, storia e geografia in genere erano compresi nella facoltà di lettere). La riforma ha istituito 42 classi di laurea triennali , che raggruppano i corsi affini: per ciascuna classe vengono precisate le conoscenze e le competenze indispensabili, e gli esami irrinunciabili. Ma l’autonomia universitaria consente ai singoli atenei di fissare la denominazione specifica dei corsi e di dare loro una maggiore caratterizzazione, anche per venire incontro alla domanda del mercato del lavoro locale. Nei prossimi mesi saranno rese note definitivamente le 104 classi di lauree specialistiche : anche in questo caso, le università potranno combinare in modo diverso sia il tipo che il numero delle materie che la loro importanza, ottenendo così di fatto dei corsi in cui su di una base comune si costruiscono dei percorsi diversi. Anche gli studenti potranno ulteriormente personalizzare la loro carriera scegliendo fra le materie opzionali, fin quasi a ottenere una laurea "su misura".

La terza trasformazione riguarda l’organizzazione della didattica: come unità di misura dell’impegno degli studenti vengono istituiti i crediti, già presenti in forma sperimentale in qualche corso di laurea. A un credito corrispondono in media 25 ore di lavoro (lezioni, esercitazioni, lavori di gruppo o personali): la quantità di lavoro prevista per un anno per uno studente a tempo pieno è convenzionalmente fissata in 60 crediti, cioè 1500 ore: per la laurea triennale serviranno quindi 180 crediti, e altri 120 per la laurea specialistica. I crediti vengono certificati da una prova finale, esame o altro, che comporta anche un voto in trentesimi: parte dei crediti necessari a completare gli studi possono essere ottenuti con la tesi di laurea o per mezzo di stages. I crediti si possono trasferire, del tutto o in parte, da un corso all'altro e da un'università all'altra, e in alcuni casi anche nel/dal lavoro.